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  La muqueuse nasale et pharyngée a une flore résidante assez abondante de bactéries non-pathogènes. Cette flore est bien adaptée au milieu; en utilisant les ressources disponibles, elle compétitionne avec les agents potentiellement pathogènes, et diminue ainsi leurs chances d'implantation et de colonisation.
Caudalement au larynx , la flore bactérienne devient rapidement très réduite; on considère que les voies respiratoires inférieures (bronches, bronchioles, alvéoles) sont essentiellement stériles.